Benabarre es un municipio que surgió durante la época de los romanos y que fue adjudicado a los árabes.

El origen de Benabarre viene de su primer señor árabe Aben Avarre. Aunque no existe ningún documento que lo acredite, se dice que en torno al 1062 fue convertida al Islam.

El rey Ramiro I de Aragón ganó Benabarre para el Reino de Aragón durante la campaña militar en la que también conquistó el norte (Luzás, Viacamp, Litera, Laguarres y Lascuarre) y el sur de la localidad. Por otro lado, también conquistó el norte de Purroy y Caserra (Falces y Falcibus).

Benabarre fue la capital del Condado de Ribagorza hasta la Guerra de la Independencia, en la que las tropas francesas, al mando de Napoleón, decidieron nombrar como capital el municipio de Graus. Como consecuencia, Benabarre dejó de ser la capital administrativa, aunque sigue siendo la capital cultura de la Comarca del Ribagorza.

Durante la Guerra Carlista (1833 – 1840) fue la localidad que más sufrió esta guerra dentro de la provincia de Huesca.